Der Bachelor und Master in Theologie (Monofach) und das Doktoratsstudium werden auch mit christkatholischem Schwerpunkt angeboten. Dabei sind die Studiengänge mit christkatholischem und mit evangelischem Schwerpunkt in weiten Teilen gleich, die Studiengänge mit christkatholischem Schwerpunkt setzen aber in manchen Bereichen eigene Akzente. Dies betrifft insbesondere jene Fachgebiete, für die am Institut für Christkatholische Theologie eigene Professuren bestehen oder Dozierende bzw. Lehrbeauftragte tätig sind:
- In der Kirchengeschichte besteht ein besonderer Schwerpunkt für die Geschichte des Altkatholizismus, seiner Vorläuferbewegungen sowie seines ökumenischen Anliegens.
- In der Systematischen Theologie werden spezielle Akzente gesetzt in Bezug auf Fundamentaltheologie katholischer Tradition und altkatholische Dogmatik in ökumenischem Kontext.
- Liturgiewissenschaft wird allgemein stärker gewichtet und auf dem Boden der liturgischen Traditionen der Ost- und Westkirche unterrichtet.
- In der ökumenischen Theologie wird grosses Gewicht auf die anglikanischen und orthodoxen Kirchen, ihre ökumenischen Beziehungen und theologischen Anliegen gelegt.
Punktuell können durch Privatdozenten bzw. Privatdozentinnen sowie durch Lehraufträge in weiteren Fächern eigene Akzente gesetzt werden, zum Beispiel im Bereich Kirchenmanagement oder Kirchenrecht. Diese Akzente sind zum Teil als Obligatoria im Studienplan verbindlich festgelegt, zum Teil handelt es sich um Empfehlungen des Instituts an die Studierenden. Im Rahmen des Ergänzungsstudiums und des strukturierten Doktoratsprogrammes können solche Empfehlungen auch im Rahmen einer individuellen Studienvereinbarung verbindlich gemacht werden.
Neben dem Monofach besteht auf Masterstufe ein eigenes Minor-Studienprogramm „Geschichte und Theologie des Altkatholizismus“.
